自1978年世界上首例试管婴儿诞生以来，关于它的伦理争论就从来没有停止过。三代试管婴儿作为试管婴儿的一个衍生技术，可以为人类避免遗传性出生缺陷的发生。1990年，Handyside报道世界第一例三代试管婴儿的出生，就是为了避免X连锁遗传性疾病的发生。此后三代试管婴儿的应用范围进一步扩展，部分科学家开始担忧人为选择胚胎，是否会改变人类物种的进化、对人类产生潜在危害；宗教人士认为人类扮演上帝的角色选择胚胎，是对生命的亵渎。在我国有很多重男轻女的家庭希望能够要一个试管婴儿男孩。
这一技术究竟是会造福人类？还是打开了潘多拉魔盒？科学家、社会学家、伦理学家、宗教人士展开激烈讨论，且争论不休。非医疗目的的胚胎性别选择，可能导致人口性别比例失衡，加重性别歧视，包括我国在内的很多国家是禁止的。特别是在我国，受传统观念的影响，认为生育男孩才能传宗接代，性别选择一旦合法将会出现更多的试管婴儿男孩，导致严重的男女性别比例失衡。另一方面，性别选择也不属于卫生健康范畴，因个人喜好而选择性别不仅增加母体的医疗风险，也有过度医疗、医疗资源浪费之嫌。
第三代试管婴儿最初是用于检测胚胎是否携带致病遗传缺陷，选择健康胚胎移植，避免遗传性疾病在家族中传递。但是也有伦理学家对此提出异议：某些疾病的发生不完全由基因决定，有基因缺陷的个体不一定会发病，如携带有BRCA1基因突变的个体也不一定就会患乳腺癌，仅根据基因检测就判处一个胚胎死刑是否合适？我们有权阻止所谓的缺陷儿出生吗？如著名物理学家斯蒂芬霍金患有脊髓侧索硬化症，如果被扼杀在胚胎期，世界上就少了一位最伟大的科学家；三代试管婴儿会降低残疾人的发生率，这是否会影响到现有残疾人的权利？社会对残疾人的投入资源会减少，社会对残疾人的态度会变得更加消极，残疾人的权力保障将更加困难；世界上最大的三代试管婴儿目前也才27岁，将来会不会有健康问题，谁也不知道，需要时间来证明这一切。
科技是把双刃剑，若任由技术发展，就不仅仅是试管婴儿男孩了，第三代试管就有可能被用于进行其他人类特征的筛选，如肤色、毛发颜色、相貌、高矮、胖瘦、智商等，这将人为改变人类的多样性平衡，对人类的发展具有潜在巨大威胁。面对新兴技术，我们不能盲从推崇，也不能因噎废食，我们应该理性的面对、审慎对待、严格监管，将新技术最大程度造福人类。
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